Les Guerres civiles en France pendant la Révolution. La révolte de Toulon en prairial an III (1875)
Le Département des affaires étrangères pendant la Révolution, 1787-1804 (1877) Texte en ligne [archive]
Les Diplomates de la révolution : Hugou de Bassville à Rome, Bernadotte à Vienne (1882)
Le Marquis de Grignan, petit-fils de Madame de Sévigné (1882)
Le Cardinal de Bernis depuis son ministère, 1758-1794. La suppression des jésuites. Le schisme constitutionnel (1884)
Napoléon et les femmes (1893)
Napoléon chez lui : la journée de l'empereur aux Tuileries (1894)
Aventures de guerre, 1792-1809, souvenirs et récits de soldats, recueillis et publiés par Frédéric Masson, illustrés par F. de Myrbach (1894)
Cavaliers de Napoléon (1895)
Napoléon inconnu, papiers inédits (1786-1793), publiés par Frédéric Masson et Guido Biagi, accompagnés de notes sur la jeunesse de Napoléon (1769-1793) (2 volumes, 1895) Texte en ligne [archive]
Marie Walewska : les maîtresses de Napoléon (1897)
Napoléon et sa famille. I, 1769-1802 (1897)
Napoléon et sa famille. II, 1802-1805 (1898)
Joséphine de Beauharnais, 1763-1796 (1898)
Joséphine, impératrice et reine (1899)
Joséphine répudiée 1809-1814 (1901)
Hippolyte d'Espinchal. Souvenirs militaires, 1792-1814, publiés par Frédéric Masson et François Boyer (2 volumes, 1901) Texte en ligne 1 [archive] 2 [archive]
L'Impératrice Marie-Louise (1902)
Napoléon et son fils (1904)
Les Quadrilles à la cour de Napoléon Ier (1904)
Jadis (2 volumes, 1905-1906)
L'Affaire Maubreuil (1907)
Napoléon dans sa jeunesse, 1769-1793 (1907)
Sacre et couronnement de Napoléon (1908)
Autour de l'île d'Elbe (1908)
Jadis et aujourd'hui (2 volumes, 1908-1909)
Sur Napoléon, huit conférences, 1908-1909 (1909)
Autour de Sainte-Hélène (2 volumes, 1909)
Petites histoires (2 volumes, 1910-1912)
Au jour le jour : Malmaison ; Magenta ; la Corse ; la Maison des Carmes ; On meurt dans les casernes ; Messieurs de la science ; les Maubreuil ; les Émigrés et la Restauration (1911)
L'Académie française, 1629-1793 (1912)
Napoléon à Sainte-Hélène, 1815-1821 (1912)
Introduction au "Journal de ma déportation à la Guyane française [archive]", de André-Daniel Laffon de Ladebat, (1912)
Lettre-préface à Charles Faure-Biguet, Paroles plébiscitaires, 1906-1913, Paris, Plon (1913)
Pour l'Empereur, pages d'histoire nationale, 1796-1821 (2 volumes, 1914-1917)
Les Femmes et la guerre de 1914 (1915)
À l'arrière, août 1914-août 1915 (1916)
Une campagne française (1917)
La Guerre. Pour les morts. Hôtel Thiers. Institut de France. Juillet 1916-décembre 1918 (1919)
Mme Bonaparte, 1796-1804 (1920)
La Vie et les conspirations du général Mallet (1921)
Revue d'ombres. Près de la princesse Caroline, 1803-1805. Les Derniers jours de Murat, mai-octobre 1815. L'Envers d'une conspiration, Grenoble 1816 (1921)
Quatre conférences sur Joséphine (1924)
La Société sous le Consulat (1937) [volume constitué par des pages empruntées à Madame Bonaparte, 1920]
Correspondance entre le grand-duc Nicolas Mikhaïlovitch de Russie et Frédéric Masson, 1897-1914 (2005)
